Rafael L. Trujillo, cercado hemisféricamente tras un persistente embargo de la OEA liderado por Venezuela, tras los atentados a Rómulo Bethancourt y con el apoyo activo de USA, cae asesinado en la carretera a San Cristóbal y, queda nominalmente al frente del Estado Joaquín Balaguer, quien había accedido a esa posición desde la Vicepresidencia tras la renuncia de Nero Trujillo el 3 de agosto de 1960.
Este, si bien sortea la “rebelión de los pilotos” del 19 de noviembre que fuerza la salida de la familia Trujillo del país y tras reformar la Constitución encabeza desde el 1 de enero del 1962 por un Consejo de Estado, con funciones ejecutivas y legislativas, se ve obligado a irse al exilio 15 días más tarde, tras una huelga de 11 días que paralizó el país, organizada por la Unión Cívica Nacional, a cargo del doctor Viriato Fiallo.
Juan Bosch, líder del Partido Revolucionario Dominicano, tras 23 años de exilio, regresa y, en las elecciones del 20 de diciembre del 1962, triunfa con el 60% de los votos sobre la UCN; su Gobierno se inicia el 27 de febrero.
El 26 de abril tuvo su primera crisis internacional con Haití, tras un grupo de Ton Ton Macoute irrumpir en las oficinas de la embajada dominicana en Puerto Príncipe y cercar más tarde la residencia en busca de los culpables de un atentado a los hijos del dictador Francois Duvalier. Esa crisis, denunciada a la OEA, generó la movilización de las fuerzas armadas en la operación Mangú, liderada por el coronel Fernández Domínguez que contemplaba ocupar Puerto Príncipe en unas pocas horas y bombardear, con la aviación militar, el Palacio Presidencial haitiano con el objeto de liberar la Embajada.
En ese momento, el ejército dominicano era muy superior y la aviación militar, la mejor del Caribe, conforme reconocía, incluso Venezuela: Se impuso la vía diplomática, el Consejo de Ministros de la OEA condenó a Haití con 16 votos contra dos abstenciones y se evitó el lance bélico, pero informaciones no corroboradas de violencia en Dajabón, forzaron una disculpa diplomática y, ese desliz afectó el prestigio interno del Gobierno.
El 25 de septiembre del 1963, luego de reiteradas discrepancias con la oligarquía y la iglesia dominicana, un golpe militar encabezado por el coronel Elias Wessin y Wessin, derrocó el Gobierno legítimamente elegido y envió a Bosch al exilio a Puerto Rico quedando el país a cargo de una Junta Militar y, posteriormente, de un Triunvirato encabezado por Donald Reid Cabral en contra del cual se produjo la Revuelta del 24 de Abril de 1965, entre otras muchas razones, por el levantamiento en armas el 29 de noviembre de 1964, del movimiento 14 de Junio, liderado por Manolo Tavarez Justo: Eso, como colofón del temor norteamericano a otra Cuba, en medio de la Guerra Fría, produce la segunda ocupación norteamericana el 28 de abril de 1965.
La Guerra de Abril – recogida en La Leyenda de los hombres rana de Ángel Lockward, originada por el derrocamiento de Bosch dos años antes – termina con la firma del Acta Institucional de septiembre de 1965 que puso fin al conflicto y que encarga del Gobierno a Héctor García Godoy y conduce a las elecciones 1 de junio del 1966, en que resulta electo Joaquín Balaguer y da inicio la historia contemporánea, en que no obstante los traspiés, el ritual democrático de los certámenes electorales se ha cumplido durante 56 años, sin interrupción y el país ha logrado el crecimiento económico más sostenido de América, fruto de una clase empresarial comprometida y de unos políticos que siempre lograron acuerdos ante cada crisis.